Prof. Marek Gierlotka ukończył studia medyczne na Kierunku Lekarskim Śląskiej Akademii Medycznej w Zabrzu w 1998 roku i rozpoczął pracę zawodową w III Katedrze i Oddziale Kardiologii SUM, której kierownikiem był w tym czasie Prof. Lech Poloński. Ze Śląskim Centrum Chorób Serca związany był nieprzerwanie aż do 2018 roku. Od maja 2018 objął funkcję Kierownika Kliniki i Oddziału Kardiologii Uniwersytetu Opolskiego w Uniwersyteckim Szpitalu Klinicznym w Opolu.
Jest specjalistą chorób wewnętrznych i kardiologii oraz doświadczonym kardiologiem interwencyjnym (zabiegi wieńcowe oraz strukturalne na zastawce mitralnej), przez wiele lat związany również z prowadzeniem oddziałów intensywnej terapii kardiologicznej. Od 2012 w SCCS w Zabrzu pełnił funkcję Zastępcy Koordynatora Oddziału Chorób Serca i Naczyń, kierowanego przez Prof. Mariusza Gąsiora, a następnie w latach 2015-2018 Zastępcy Koordynatora ds. Intensywnej Terapii Kardiologicznej i Ostrych Zespołów Wieńcowych.
W latach 2014-2018 był konsultantem wojewódzkim w dziedzinie kardiologii dla województwa śląskiego. Obecnie pełni tę funkcję dla województwa opolskiego. W ramach sowich obowiązków współtworzył Priorytety dla Regionalnej Polityki Zdrowotnej dla Śląskiego i Opolskiego Urzędu Wojewódzkiego oraz brał udział w pracach Śląskiej i Opolskiej Wojewódzkiej Rady do spraw Potrzeb Zdrowotnych i Radzie Ekspertów ds. Regionalnych Programów Zdrowotnych. W roku 2015 był członkiem Zespołu ds. opracowania map potrzeb zdrowotnych kardiologicznych i kardiochirurgicznych Ministerstwa Zdrowia.
Był i jest promotorem oraz recenzentem przewodów doktorskich i habilitacyjnych. Sprawował opiekę merytoryczną nad lekarzami specjalizującymi się w kardiologii. Szkolił praktycznie i teoretycznie lekarzy w zakresie wykonywania zabiegów kardiologii inwazyjnej. Współorganizuje konferencje, spotkania i warsztaty dydaktyczne. Obecnie jest nauczycielem akademickim na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Opolskiego, gdzie prowadzi zajęcia ze studentami oraz opiekuje się kardiologicznym Studenckim Kołem Naukowym.
Jest aktywnym członkiem Polskiego Towarzystwa Kardiologicznego i w ramach struktur PTK prowadzi działania edukacyjne, naukowe i organizacyjne. Od roku 2015 jest członkiem Zarządu Sekcji Intensywnej Terapii Kardiologicznej i Resuscytacji PTK a w kadencji 2017-2019 pełnił funkcję Przewodniczącego Sekcji. Nadzorował w aspekcie organizacyjnym i naukowym VI i VII Konferencję i Warsztaty Sekcji ITKiR. W roku 2019 przekształcił Sekcję w Asocjację Intensywnej Terapii Kardiologicznej PTK. Od roku 2017 jest członkiem Komitetu Naukowego Kongresów PTK. W 2019 został wybrany do Zarządu Głównego PTK. Pełni również funkcję Przewodniczącego Komisji Inicjatyw Klinicznych ZG PTK, współtworząc obecnie Platformę Naukową PTK, mającą za zadanie ułatwienie i promowanie prowadzenia rejestrowych badań obserwacyjnych przez struktury Polskiego Towarzystwa Kardiologicznego.
W ramach aktywności w Europejskim Towarzystwie Kardiologicznym w latach 2006-2008 był członkiem Zespołu Ekspertów ESC, który zaprojektował i zrealizował ogólnoeuropejski rejestr ostrych zespołów wieńcowych Euro Heart Survey on Acute Coronary Syndromes (ACS) Registry. W roku 2018 został wybrany do pełnienia funkcji Członka Zarządu Acute Cardiovascular Care Association of ESC, gdzie jest również współprzewodniczącym Research and Science Section. Ponadto jest przedstawicielem Zarządu ACCA przy EURObservational Research Programme (EORP). Jest koordynatorem krajowym rejestru NSTEMI EORP.
Od kilku lat pełni również funkcje w redakcjach naukowych czasopism związanych z kardiologią interwencyjną. Recenzuje manuskrypty publikacji dla wielu czasopism polskich i zagranicznych. Uczestniczy w pracach naukowych zespołów eksperckich zarówno polskich jak i międzynarodowych oraz jest współautorem stanowisk eksperckich.
Dorobek naukowy Marka Gierlotki obejmuje prawie 200 publikacji z łącznym współczynnikiem impact factor 280 oraz indeksem Hirsha 19. Był on wielokrotnie nagradzany przez Rektora SUM (2011, 2012, 2014), Polskie Towarzystwo Kardiologiczne, w tym nagrodami zespołowymi za najlepszą publikację lub serię publikacji (2012, 2015, 2016, 2017, 2018), trzykrotnie przez Kardiologię Polską dla współautora najczęściej cytowanej publikacji. Trzy razy z rzędu był finalistą ACCA Research Prize za najlepsze doniesienie zjazdowe na corocznym Europejskim Kongresie Intensywnej Terapii Kardiologicznej (2018, 2019, 2020). W 2017 roku otrzymał wyróżnienie za projekt „Opieka koordynowana po zawale serca” w konkursie „Złoty Skalpel 2017” Pulsu Medycyny oraz został uhonorowany Złotym Laurem Umiejętności i Kompetencji 2017 w kategorii Medycyna i Inżynieria Biomedyczna przez Regionalną Izbę Gospodarczą w Katowicach.